• 如何为HDF5编写示例

    我正在尝试使用g ++而不是cmake测试tarray.cpp示例。我不需要整个hdf5程序来运行,仅是示例。我将所有依赖项都包含在一个文件夹中并运行g ++。我在下面收到此错误。 $ g ++ tarray.cpp -o tarray / usr / bin / ld:/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/9/../../../x86_64-linux-gnu/Scrt1.o:在功能'_start'中: (.text + 0x24):对“ main”的未定义引用 / usr / bi...
  • 为什么我的hdf5文件看起来这么大?

    我正在使用一个巨大的数据集(数百个GB),该数据集将4000万个标识符存储为32个字符的字符串,每个标识符包含数百或数千行数字数据。 为了节省空间并提高从磁盘读取数据的效率,似乎最好不要在数据集中重复识别符。例如,数据表看起来像 verylongstringidentifier1, 1.2 verylongstringidentifier1, 2.3 verylongstringidentifier1, 3.4 . . verylongstringidentifier2, 2.1 verylongstrin...
  • 如何在HDF5上对单个功能进行测试

    我正在尝试测试tarray.cpp。我知道您可以使用cmake,但是我需要在项目中使用G ++。我只需要测试tarray部分及其依赖性。我将tarray及其所有依赖项放在同一文件夹中。但是,当我尝试编译它时,出现以下错误: $ g++ tarray.cpp -o tarray 在H5Cpp.h:18:0和tarray.cpp:28包含的文件中: H5Include.h:15:10: fatal error: hdf5.h: No such file or directory #include <hdf5...
  • HDF5:如何将紧密堆积的顶点数组读取为不同大小的结构?

    我将以下格式存储在HDF5文件(顶点的密集排列)中: struct DiskVertex { float pos[]; } 我有一个顶点存储缓冲区,我想将此数据读入: struct MemVertex { float pos[3]; float normal[3]; float uv[2]; } 例如,如果磁盘上有DiskVertex [1000],并且内存缓冲区为MemVertex [1000]。 如何从DiskVertex读取数据到MemVertex?我想避免分配一个...
  • 库将不会安装在所需目录中(Ubuntu 20.04)

    我是Linux的新手,正在尝试安装HDF5库。 我下载了最新版本1.12.0,并将其解压缩到“下载”文件夹中。 Then, I executed cd $HOME/Downloads/hdf5-1.12.0, sudo ./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-cxx and then executed the command make. 但是,在所需目录中将没有任何名为hdf5的文件夹,所有内容都将构建在Downloads文件夹中。为什么会这样呢?
  • 使用Python将数据从CSV和PDF复制到HDF5

    How to transfer files from specific folders to hdf5 file type using python? files type is PDF and CSV. For example i have this path /root/Desktop/mal/ex1/ that contain many CSV files and PDF files all of them i wont to make 1 single hdf5 file contain all t...
  • 创建hdf5文件时始终出现权限错误

    我具有以下代码段来创建hdf5文件,并使用“ with”语句来确保正确关闭文件。但是,我仍然保持错误消息如下。 filename = 'E30.hdf5' try: with h5py.File(filename, 'w-') as f: print('---') except: os.remove(filename) f = h5py.File(filename, 'w-') 但是,我仍然保持错误消息...
  • 如何转换为utf-8编码?

    我无法将以下代码转换为utf-8编码。我认为我的for循环可能存在问题。谁能帮忙吗? def prepare_folds(hdf5,folds,pheno,衍生物,实验): exps = hdf5.require_group(“ experiments”) ids = pheno [“ FILE_ID”] for derivative in derivatives: exp = exps.require_group(utils.format_config( experiment, ...
  • Python分块和排序大量数据

    我正在尝试按块读取和排序大型文本文件(> 10 GB)。最终目标是根据第2列对数据进行排序。以下实现了读取(巨大)数据的过程,但我正在努力对其进行排序。有人可以帮忙吗? 我可以对单个块进行排序(通过argsort),但是我不知道如何合并所有内容。输出最终的Nx4排序数组(我打算存储在HDF5文件中)。 PS:尽管在线上有很多资源,但我在Python中找不到这种逻辑/ MWE的简单实现。 谢谢! filename = "file.txt" # nrows/cols in the file nrows = su...
  • 如何将数据附加到python中的h5文件?

    我想在数据输入时向HDF5文件中添加越来越多的数据。我尝试了以下操作:首先使用第一个数组创建一个数据集,然后尝试通过调整其大小为h5文件添加另一个值。 import os import h5py import numpy as np x = np.array([1, 2, 3, 4, 5, 6, 9, 8, 87, 2, 3, 5, 12, 14, 16]).astype(int) y = 9 path = "out.h5" with h5py.File(path, "a") as f: dset...
  • 如何在Python中对HDF5文件进行排序

    我正在使用h5py包将大型文本文件(10 GB,N行和4列)存储在HDF5文件中。主要是因为我不想使用我的RAM。 我想根据第二列对文件中的项目进行排序。有什么建议吗? 我还听说可以分批完成,请问有什么帮助吗? 谢谢!
  • 如何读取大型文本文件以避免逐行读取:: Python

    我有一个很大的数据文件(N,4),正在逐行映射。我的文件为10 GB,下面给出了一个简单的实现。尽管以下工作有效,但仍需要大量时间。 我想实现这种逻辑,以便直接读取文本文件,并且可以访问元素。此后,我需要根据第2列元素对整个(映射)文件进行排序。 The examples I see online assumes smaller piece of data (d) and using f[:] = d[:]but I can't do that since d is huge in my case and ...
  • 列表中的()是什么意思[()]在Python中?

    我遇到了一个h5py教程,其中按如下方式访问hdf5文件的特定索引: f = h5py.File('random.hdf5', 'r') data = f['default'][()] f.close() print(data[10]) In this manner, even when the file is closed, the data is still accessible. It seems adding [()] no longer makes data a simple pointer,...
  • 无需HDF5压缩过滤器即可压缩HDF5文件

    压缩在不应用任何HDF5压缩过滤器的情况下创建的HDF5文件时,通常使用哪种压缩算法? My HDF5 files are created with h5py in Python 3.8 and contain N-dimensional numpy arrays of 32-bit floats. Chunking the HDF5 datasets appear to make reading/selection significantly slower, thus chunking was disab...
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